| 関東大学サッカーリーグ1部の下位2校は2部リーグの上位2校と、2部の下位2校は関東大会(都県リーグ上位校が出場)上位2校と90分延長戦なしの入替え戦を行います。 なお、リーグ戦や関東大会の累積警告は入替え戦に関係ありません。退場の場合は、リーグ、関東大会、入れ替え戦に関係なく、退場を受けた試合から“至近の公式戦”に出場停止となります。
 
引分けの場合は以下のとおり。
 
再試合を行う。再試合でも引分けの場合は上位リーグ8位校の残留。 
上位リーグ7位校が残留。 
いずれにしても、下位リーグからの出場校は勝たなければ昇格できません。
  
 
各ブロック総当たりのリーグ戦を行い、それぞれの1位が入替え戦に出場。順位決定戦により優勝・準優勝を決定する。
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| Aブロック | Bブロック |  
| 立正大学(東京1位) | 宇都宮大学(北関東1位) |  
| 城西大学(埼玉1位) | 東海大学 (神奈川1位) |  
| 明海大学(千葉1位) | 東洋大学 (東京2位) |  
| 拓殖大学(東京4位) | 専修大学 (東京3位) |  |  | 1999年度リーグ戦最終順位 
  
 
| 1部 | 1位 | 筑波大学 |  
| 2位 | 駒澤大学 |  
| 3位 | 東京学芸大学 |  
| 4位 | 国士舘大学 |  
| 5位 | 順天堂大学 |  
| 6位 | 中央大学 |  
| 7位 | 明治大学 |  
| 8位 | 慶應義塾 |   
 
| 2部 | 1位 | 東京農業大学 |  
| 2位 | 日本体育大学 |  
| 3位 | 早稲田大学 |  
| 4位 | 青山学院大学 |  
| 5位 | 日本大学 |  
| 6位 | 亜細亜大学 |  
| 7位 | 法政大学 |  
| 8位 | 流通経済大学 |   
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