関東大学サッカーリーグ１部の７位校は２部リーグの準優勝校と、２部の７位校は関東大会（都県リーグ上位校が出場）の準優勝校と入替え戦を行います。入替え戦は１回戦で、前後半90分間で勝敗が決しないときには30分を限度としたＶゴール方式の延長戦を行ないます。それでも勝敗が決しない場合はPK戦を行わず、両チームとも現所属リーグに残留となります。
なお、関東大学サッカーリーグ２部優勝校、ならびに関東大会優勝校はそれぞれ関東１部、関東２部に自動昇格、関東１部・２部最下位校はそれぞれ下位リーグに自動降格となり、入替え戦は行ないません。
リーグ戦や関東大会の累積警告は入替え戦に関係ありません。退場の場合は、リーグ、関東大会、入れ替え戦に関係なく、退場を受けた試合から“至近の同レベルの公式戦”に出場停止となります。
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《第36回関東大学サッカー大会出場校》
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早稲田大学 （東京都第１代表）
拓殖大学 （東京都第２代表）
専修大学 （東京都第３代表）
明海大学 （千葉県第１代表）
中央学院大学 （千葉県第２代表）※
神奈川大学 （神奈川県代表）
尚美学園大学 （埼玉県代表）
作新学院大学 （北関東代表）
※千葉県第２代表は昨年度関東大会優勝地域枠。
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2003年度リーグ戦最終順位
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１部
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１位
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駒澤大学
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２位
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筑波大学
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３位
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国士舘大学
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４位
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東京学芸大学
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５位
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亜細亜大学
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６位
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中央大学
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７位
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順天堂大学
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８位
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日本大学
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２部
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１位
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流通経済大学
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２位
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法政大学
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３位
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東京農業大学
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４位
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明治大学
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５位
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東海大学
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６位
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慶應義塾大学
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７位
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青山学院大学
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８位
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国際武道大学
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